Software Developer und Data Scientist

7/2021 – offen

Erweiterung eines Umfrage Portals

Docker, HTML, JavaScript, Kubernetes, Python

8/2020 – 1/2021

Quantifizierung von bekannten Peptiden in Ion Mobility Daten mit Hilfe von OpenMS und Python Wrapper pyOpenMS

LaTex, Python, XML

6/2017 – 7/2019

Deep Learning Ansatz zur Peptid Detektion. Detektierung von Peptid Isotope Patterns in Massenspektrometrie Daten mit Hilfe von Convolutional Neural Networks (U-net, Ronneberger et al. 2015)

Keras, Python, XML

5/2017 – 9/2018

Label Free Proteomik Workflow. Neuer Ansatz für Alignment und Linking für Plasma und Urin Proben, Batch Effect Removal und neue Quality Control Metrics

C++, KNIME

3/2017 – 3/2020

Quality Control Skripte für Proteomik Workflows. R Library für Postprocessing und Quality Control von Proteomik Daten, Quality Control Reports für gängige Methoden (SILAC, Label Free, TMT, iTRAQ)

LaTex

8/2016 – 4/2018

Virtual Tissue Dissection. Zell-Typ Identifizierung in Gewebeproben durch Deep Peptide Fingerprinting und PCA.

C++

8/2016 – 2/2018

Pilot Studie für Roche pRED. Evaluation von OpenMS Proteomik Workflows für Roche AG, Vergleichsstudie verschiedener Search Engines (Peaks, Novor, MS-GF+), Deployment auf Roche HPC Cluster mit Hilfe von Docker

C++, Docker

6/2015 – 2/2018

Deep Proteomik. Identifizierung von ultra-low-abundance Peptiden in Protein Proben, Kombination aus Shotgun und Targeted Fragmentierungsmethoden.

C++