Technical Consultant | Solution Architect | Life Sciences

1/2024 – offen

Erweiterung von LabID zur Verfolgung und Freigabe von Datenherkunft mit RO-Crate im Einklang mit FAIR-Prinzipien (LabID-PROV, OSCARS, Horizon Europe). Modellierung von Workflows und Workflow-Runs in LabID, Integration von Drittanbieter-Forschungsinfrastrukturen (WorkflowHub, Galaxy). Entwicklung der Multi-Tenant-SaaS-Variante von LabID mit Schema-Isolation, Tenant-Provisionierung und Authentifizierung über Authentik. Entwicklung und Betrieb der Lieferplattform: selbstgehostete n8n-Workflows, LLM-Ranking, Container-Images in GitLab CI, nächtliche PostgreSQL-Backups. Veröffentlichung von Po11y, einer Open-Source-Observability-Lösung für n8n.

Saas, Django, Kubernetes, Docker, Large Language Models, Postgresql

10/2014 – 9/2023

Leitender Entwickler und technischer Verantwortlicher der LabID-Plattform für Labordatenmanagement und elektronische Laborbücher, genutzt von über 200 Mitarbeitern. Anforderungen direkt von Forschungsgruppen gesammelt, in Plattformfunktionen übersetzt und umgesetzt. Verantwortlich für Feature- und technische Entscheidungen, Entwicklung und Produktionsbereitstellung über CI/CD auf dem verwalteten Kubernetes-Cluster von EMBL. Wartung und Härtung von EMBL GitLab (ca. 2280 Nutzer, 65 Gruppen, 3600+ Projekte). Einführung und Betrieb von EMBL Chat (Mattermost) als datengeschützte Alternative zu extern gehostetem Slack. Bereitstellung und Wartung von Compute-Diensten (Galaxy, RStudio). Schulung und Unterstützung nicht-technischer Mitarbeiter.

Django, Postgresql, Kubernetes, Continuous Integration, Docker

1/2011 – 9/2014

Wartung und Anpassung einer Galaxy-Installation für F&E sowie als LIMS für die NGS-Core-Facility. Entwicklung des TRON Cell Line Portals, das RNA-Seq-Expressions-, HLA- und Mutationsdaten integriert. Verwaltung der HPC-Infrastruktur für die NGS- und Bioinformatik-Abteilung, inklusive Einkauf, Konfiguration und Wartung. Betreuung von Studierenden, Projekte umfassen die Entwicklung eines Galaxy-LIMS, einer RNA-Seq-Pipeline und einer Plattform für Probenberichte im Django-Web-Framework.

Django